Năm 883, không chống trả nổi liên quân do Lý Khắc Dụng thống soái, Hoàng Sào buộc phải từ bỏ Trường An và chạy về phía đông. Hoàng Sào khiển bộ tướng Mạnh Khải (孟楷) tiến công Thái châu, Tần Tông Quyền chiến bại nên đã quyết định mở cổng thành và xin quy phục Hoàng Sào. Sau đó, Tần Tông Quyền sáp nhập quân đội của mình vào quân nổi dậy của Hoàng Sào. Liên quân bao vây Trần châu[chú 3], song không thể chiếm được thành. Vào mùa đông năm 883, khi Hoàng Sào vẫn đang bao vây Trần châu, Tần Tông Quyền đích thân dẫn quân bao vây Hứa châu, song cũng không thể chiếm được thành này. Vào mùa xuân năm 884, Tần Tông Quyền khiển một người đệ tiến công Lư châu[chú 4], và chiếm cứ Thư Thành[chú 5] trong một thời gian, trước khi Lư châu thứ sử Dương Hành Mật phái thuộc hạ là Điền Quân đi đẩy lui huynh đệ họ Tần.[8]

Vào mùa hè năm 884, Hoàng Sào bị đánh bại và bị cháu là Lâm Ngôn (林言) giết chết. Tuy nhiên, Tần Tông Quyền không quy phục triều đình Đường, ông đem quân đến cướp phá các quân xung quanh. Đặc biệt, ông còn tiến công Tuyên Vũ[chú 6] tiết độ sứ Chu Toàn Trung; song đến khi Thiên Bình tiết độ sứ đến cứu viện cho Chu Toàn Trung; Tần Tông Quyền chiến bại và phải triệt thoái. Trong khi đó, vào mùa đông năm 884, khi một tướng Đường làm phản khác là Lộc Yến Hoằng tiến công Tương châu[chú 7], Tần Tông Quyền đã phái thuộc hạ là Tần Cáo (秦誥) và Triệu Đức Nhân (趙德諲) đến tăng viện cho Lộc Yến Hoằng, liên quân chiếm được Tương châu. Sau đó, Lộc Yến Hoằng tiến công và chiếm được Hứa châu, buộc Chu Ngập phải chạy trốn, trong khi quân của Tần Tông Quyền tiếp quản Tương châu.[1]

Đồng thời, Tần Tông Quyền cũng phái các bộ tướng đi tiến công các quân lân cận: Trần Ngạn (陳彥) tiến công Hoài Nam [chú 8]; Tần Hiền (秦賢) tiến công Giang Tây[chú 9]; Tần Cáo chiếm được Sơn Nam Đông đạo[chú 10]; Tôn Nho chiếm được đông đô Lạc Dương của Đường, cũng như Thiểm Quắc[chú 11]; Trương Chí (張晊) chiếm Nhữ châu[chú 12] và Trịnh châu[chú 13]; và Lô Đường (盧瑭) tiến công Tuyên Vũ quân. Theo mô tả, quân của Tần Tông Quyền đi đến bất cứ đâu cũng đều tiến hành tàn sát, phóng hỏa, hãm hiếp và cướp bóc, thậm chí còn tàn ác hơn quân của Hoàng Sào. Hơn nữa, quân của Tần Tông Quyền không có nguồn cung thực phẩm, và họ đã nhiều lần lấy thịt người làm quân lương. Khi đó, Đường Hy Tông đã lập kế hoạch trở về Trường An, song vì lo sợ trước những gì mà quân của Tần Tông Quyền đã thực hiện, hoàng đế đã ban một chiếu chỉ nhằm chiêu dụ Tần Tông Quyền, song Tần Tông Quyền không có hành động nào.[1]

Vào mùa xuân năm 885, Tần Tông Quyền lệnh cho Quang châu[chú 14] thứ sử Vương Tự phải nộp tô thuế cho ông, khi Vương Tự không có khả năng cung cấp, Tần Tông Quyền tức giận và phát binh tiến công. Vương Tự lo sợ và buộc người dân Quang châu và Thọ châu[chú 15] theo ông ta vượt sang bờ nam Trường Giang. Tần Tông Quyền cũng tiến công Dĩnh châu [chú 16] và Bạc châu[chú 17], song bị Chu Toàn Trung đẩy lui.[1]